El capítulo II tiene cuatro secciones y regula la estructura organizativa de la Agencia. En la primera sección se presenta la clasificación de los distintos tipos de órganos: de gobierno, ejecutivos, de apoyo y directivos y se establece el régimen aplicable a los órganos colegiados y de gobierno. Asimismo, se estructura la generación de la normativa interna y se fijan los actos y resoluciones que ponen fin a la vía administrativa. En la segunda sección se establecen las funciones de los órganos de gobierno, Presidencia y Consejo Rector y se establece la composición de este último. La Presidencia es concebida con carácter ejecutivo. En la sección tercera se establece la estructura y funciones de los órganos de apoyo, la Comisión de Control, el Comité Científico Asesor, el Comité Interterritorial, y el Comité de Ética. Finalmente, en la sección cuarta se establece la estructura y funciones de los órganos directivos de primer nivel, Vicepresidencias y Secretaría General.